Реконструкцию намерены проводить поэтапно. Известно, что одной из задач первого этапа проекта станет освоение филиалов музея, а именно завершение работ по созданию и оборудованию Центра российской графики.
Также планируется, что будут проведены работы по перекрытию внутренних дворов-колодцев здания Михайловского дворца специальными светопрозрачными фонарями. В будущем намерены расширить входную и вестибюльную зоны, планируется установка лифтов для людей с ограниченными возможностями.
Предполагается, что полностью Михайловский дворец на время реконструкции не закроется. Решение о финансировании проекта реконструкции Русского музея должно быть принято к концу марта. Его решают Всемирный банк, российские Министерство культуры и Министерство финансов.
